La CIPV est administrée par ses 182 parties contractantes via la Commission des mesures phytosanitaires (CMP), qui se réunit tous les ans, et plusieurs organes subsidiaires et de surveillance clés qui relèvent de la CMP :
Le Secrétariat de la CIPV est responsable de la coordination du programme de travail de la CIPV, lequel est guidé par plusieurs stratégies :
La CIPV fournit des orientations sur :