Es la dependencia encargada de apoyar a la Gerencia General en la formulación, elaboración y desarrollo de las políticas, planes, medidas y procedimientos relacionados con la emisión de medidas en materia de sanidad animal, vegetal e inocuidad relacionadas con la producción primaria del país, establecer la directrices y realizar la evaluación de riesgos en materia animal, vegetal y de organismos vivos modificados genéticamente, así mismo ser el punto de contacto oficial del Instituto en todos los asuntos internacionales.
Para el cumplimiento de sus funciones cuenta con tres dependencias que son: La Dirección Técnica de Asuntos Internacionales, La Dirección Técnica de Evaluación de Riesgos y la Dirección Técnica de Asuntos Nacionales.