Dentro de sus principales funciones están la de asesorar a la Gerencia General en la formulación, preparación y desarrollo de políticas, planes, programas, proyectos, medidas y procedimientos dirigidos a la protección de la sanidad vegetal, a proteger los derechos de obtentores de las variedades vegetales, a verificar la calidad en la producción, comercialización y uso seguro de las semillas y los insumos agrícolas, a propender por la inocuidad en la producción primaria de los productos de origen vegetal.
Por lo anterior, dirige el desarrollo de los planes, programas y proyectos trazados para el cumplimiento de los objetivos del Instituto en materia de mejoramiento del estatus fitosanitario de la producción vegetal, mediante el desarrollo de campañas para el control y erradicación de plagas de control oficial.