Управление МККЗР осуществляется 182 договаривающимися сторонами МККЗР через Комиссию по фитосанитарным мерам (КФМ), сессии которой проходят ежегодно, а также через ряд ключевых вспомогательных и контролирующих органов КФМ:
Секретариат МККЗР несет ответственность за координацию деятельности в рамках программы работы МККЗР, которая основана на ряде различных стратегий:
МККЗР вносит вклад в определение направлений деятельности в рамках: