اتُحكم الاتفاقية من قبل 182 طرفاً متعاقداً من خلال الاجتماع السنوي لهيئة تدابير الصحة النباتية - (CPM) وعدد من الأجهزة الفرعية لهيئة تدابير الصحة النباتية وأجهزة الإشراف وهي:
مكتب هيئة تدابير الصحة النباتية- يوفر الجهاز التنفيذي للهيئة المؤلف من سبعة أعضاء منتخبين التوجيه لأمانة الاتفاقية وهيئة تدابير الصحة النباتية على التوجُّه الاستراتيجي، والتعاون، والمالية والإدارة التشغيلية
الجهاز الفرعي لتسوية التنازعات (SBDS)- الهيئة المشرفة على اجتناب التنازعات ونظام تسويتها
لجنة تنمية القدرات (CDC) -الهيئة المشرفة على برنامج تنمية القدرات
الفريق الاستشاري عن الالتزامات الوطنية للإبلاغ (NROAG)-الهيئة المشرفة على برنامج الالتزامات الوطنية للإبلاغ
تعدّ أمانة الاتفاقية مسؤولة عن تنسيق برنامج عمل الاتفاقية، والذي يرتكز على عدد من الاستراتيجيات المختلفة:
إطار العمل الاستراتيجي للاتفاقية الدولية لوقاية النباتات (2012 – 2019)
الاستراتيجية الوطنية للاتفاقية الدولية لوقاية النباتات لتنمية القدرات
استراتيجية الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات للاتصالات
استراتيجية الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات عن الالتزامات الوطنية للإبلاغ
توفر الاتفاقية الاتجاه مدخلات لـ:
الهدفين الاستراتيجيين لمنظمة الأغذية والزراعة للأمم المتحدة رقم 2 و3
الأهداف الإنمائية المستدامة للأمم المتحدة رقم 2، 13، 13، 15 و17l